Dosadašnja istraživanja genetičkog podrijetla i rezultati genetičkih analiza omogućuju tumačenje genetičkog podrijetla Hrvata. Postoji samo nekoliko radova koji među analizama haplotipova na Y kromosomu sadrže i analize uzoraka iz Hrvatske. Od početnih radova: Semino i suradnici (koautor Dragan Primorac) 2000., Passarino i sur. 2001. i Chikhi i sur. 2002., genetika je kao znanost dosta napredovala. Kod ovakvih istraživanja nezaobilazno je proučavanje i znanstvenih radova koji se bave drugim narodima i područjima, jer omogućavaju razumijevanje geografskih ishodišta pojedinih haplotipova, njihovog razmještaja na Zemlji i širenja.
U istraživanju genetike razlikujemo 3 odvojena testiranja;
- DNK koja se nalazi na Y kromosomu i predstavlja izravnu mušku liniju, Y-DNK i koja obično služi za praćenje pravaca migracija (muškarci su se u pravilu više selili nego žene), a koja u hrvatskom primjeru prikazuje doseljavanje s područja Karpata i Ukrajine i u manjem dijelu autohtonost.
- DNK koja se nalazi u mitohondrijima i predstavlja izravnu žensku liniju, mtDNK koja je u hrvatskom primjeru u nekom europskom prosjeku.
- autosomalnu DNK koja predstavlja obilježja cijele populacije, uzima u obzir sve linije, maksimalno 2 na n-tu, pri čemu je n broj generacija (broj linija je realno manji, jer su se nakon n generacija i neki rođaci ženili međusobno)
Teritorij Hrvatske je naseljen od paleolitika, u neolitiku se tu nalaze kulture poput vučedolske, lasinjske, Sopota, Korena, impreso-keramičke, Danila i Hvara. U brončanom dobu dolazi do simbioze Protoindoeuropljana i neolitske kulture, što vodi nastajanju grupa naroda poput Ilira. S većim osvajanjima i seobama Kelta, Rimljana, Avara i na kraju Slavena/Hrvata u 6. stoljeću većinom se završavaju velike migracije. Dodatne selidbe stanovništva prouzročene su hrvatsko-otomanskim ratovima, hrvatskim ekonomskim migracijama u 19. i 20. st-u, svjetskim ratovima, kao i Domovinskim ratom 90-ih.
Napomene
Ovo područje se brzo razvija i stalno se pojavljuju nova istraživanja, tako da je neke konačne zaključke prerano iznositi. U tekstu se izraz podrijetlo Hrvata koristi kao sinonim za podrijetlo populacije stanovništva s područja Hrvatske, jer je prema prema popisu stanovništva iz 2001. godine u populaciji stanovništva Republike Hrvatske bilo 89,65% Hrvata, uz znatan postotak nepoznate narodnosti. Međutim, Hrvati žive i izvan Hrvatske.
Treba razlikovati genetičko podrijetlo naroda od stvaranja političkih naroda/nacija (etnogeneze). Pojedini haplotipovi nisu povezani s etničkom pripadnošću. Autori radova s područja genetike daju im ponekad, radi lakšeg razlikovanja, imena prema narodima ili skupinama u kojima je otkriven njihov najveći postotak. Sva istraživanja ne koriste istu terminologiju i razlučivanje, pa su zaključci iz jednog istraživanja često upitni kad se pojavi novo istraživanje.
Početna istraživanja, kao npr. Semino i sur., na 58 muškaraca iz Hrvatske nađene su sljedeće skupine kromosoma Y:
- haplotip I2 (Eu7): 44,83%
- haplotip R1a (Eu19): 29,31%
- "neolitski haplotipovi" E, J, G (Eu4, Eu9, Eu10, Eu11): 13,79%
- haplotip R1b (Eu18): 10,34%
- haplotip O (Eu16): 1,73
Ovakva genetička struktura slična je strukturama susjednih naroda jugoistočne Europe, iako postoje i određene razlike. Usporedbe s drugim narodima moguće je načiniti ako su istraživanja njihova genetičkog podrijetla načinjena po istoj metodi: analizom haplotipova. Ako se radi o starijim istraživanjima temeljenim na haplogrupama, može se samo izračunati sličnost podrijetla predaka uspoređivanih naroda.
Najuočljivija karakteristika prikazane genetičke strukture je visok postotak haplotipa Eu7. Kasnije se pokazalo da je hapolotip I2(a) porijeklom iz Ukrajine, odnosno da nije preživio ledeno doba u Dinaridima, nego da se prvo proširio preko Karpata, sudjelovao u slavenskoj etnogenezi tamo, a zatim skupa s R1a (a vjerojatno i s drugim haplogrupama u tragovima) naknadno doselio/vratio na ova područja.